Esta página explica como criptografar a sua home folder do ubuntu 14.04 / 16.04 após ter feito a instação
sudo apt-get install ecryptfs-utils
Você pode pular essa parte se tiver acesso root ao sistema, criaremos um novo usuário apenas para garantir que nada esteja em uso quando a criptografia começar.
sudo useradd -g sudo -M -r tempUser
sudo passwd tempUser
Tenha certeza de encerrar a sessão com o seu usuário (logout) e inicie uma nossa sessão com o usuário recém criado.
Rode o seguinte comando
sudo ecryptfs-migrate-home -u <seuUsuario>
Vale a pena criptografar a Swap (mas não é obrigatório)
sudo ecryptfs-setup-swap
Reinicie o sistema
Após o primeiro uma janela irá perguntar se você quer salvar sua palavra chave para manualmente acessar sua homefolder, salve por segurança.
Após o reboot, você pode deletar o usuário e a pasta de backup criada dentro do /home durente a criptografia